Disputas: Amalia Aikaterini Mailli

Tittel på avhandlingen:

The potential of metagenomics and metatranscriptomics based on next generation sequencing for the taxonomic profiling of benthic communities

Tittel på prøveforelesning:

From genes to ecosystems: novel approaches for marine biodiversity monitoring

Bedømmelseskomité:

• Professor Florian Leese, Faculty of Biology, University of Duisburg-Essen, Tyskland
• Forsker Claudia Junge, Avdeling for marine økosystemer og ressurser, Havforskningsinstituttet
• Professor Steinar Daae Johansen, Fakultet for biovitenskap og akvakultur, Nord universitet

Veiledere:

• Hovedveileder: Professor Emeritus Truls Moum, Fakultet for biovitenskap og akvakultur, Nord universitet
• Medveileder: Professor Henning Reiss, Fakultet for biovitenskap og akvakultur, Nord universitet
• Medveileder: Forsker Lars Martin Jakt, Fakultet for biovitenskap og akvakultur, Nord universitet

Sammendrag av avhandlingen​:

Bunnmiljøer støtter et mangfold av eukaryote samfunn som er essensielle for marine økosystemer. Disse samfunnene har tradisjonelt blitt undersøkt gjennom morfologisk taksonomi, men kan nå studeres mer effektivt ved hjelp av DNA-baserte metoder. Denne avhandlingen sammenlignet metabarkoding, metagenomikk og miljømessig mRNA-sekvensering for å vurdere bunnmangfold og økologiske mønstre. Metabarkoding ga resultater som var i samsvar med morfologiske analyser, mens metagenomikk og mRNA-analyser ble begrenset av mangler i referansedatabaser og falske positive funn. mRNA viste potensial for sanntidsvurdering av samfunn, men var mindre egnet for å oppdage påvirkning fra akvakultur. Integrering av flere databaser forbedret annoteringskapasiteten med 20 %. Studien viser samlet sett at molekylære metoder har stort potensial for overvåking av bunnmiljøer, men understreker samtidig behovet for bedre bioinformatisk støtte og forbedret prøvetakingsdesign.