Disputas: Sowmya Ramachandran

Tittel på prøveforelesning

Chemical modifications in mRNAs - their function and regulation​​

Tittel på avhandling

Ribosomal RNA, ribose methylation, and box C/D snoRNAs during embryonic development of teleosts zebrafish (Danio rerio) and medaka (Oryzias latipes)

Bedømmelseskomité

- Forskningsdirektør Benoît Masquida, University of Strasbourg, Frankrike​
- Professor Eivind Dale Valen, Institutt for informatikk​, Universitetet i Bergen, Norge
- Professor Monica Fengsrud Brinchmann, FBA, Nord universitet​

Veiledere

Hovedveileder: Professor Igor​ Babiak​​, FBA, Nord universitet
Medveiledere: - Professor Steinar Daae Johansen, FBA, Nord universitet
                        ​   - Professor Henrik Nielsen, Københavns universitet

Om avhandlingen​

Sebrafisk (Danio rerio) og medaka (Oryzias latipes) er teleost modellorganismer med relevans til human biologi og medisin. Selv om en betydelig mengde informasjon er tilgjengelig om sebrafisk og medaka's DNA and RNA, så mangler fremdeles en funksjonell forståelse av mange biologiske mekanismer, - spesielt om de tidlige stadier av embryonal utvikling. Struktur og sammensetning av ribosomal RNA (rRNA) er høyt konservert mellom de fleste arter, men med variasjon i modifikasjoner, - som for eksempel metylering av ribosen. Sebrafisk har blitt vist å besitte to typer av rRNA, hvor en av disse bare er observer under tidlig embryonal utvikling. 

Hensikten med studien var å undersøke struktur og modifiseringsprofiler til begge disse rRNA typene i sebrafisk og sammenligne resultatene med tilsvarende undersøkelser hos medaka, - som representerer en mere fjern slektning av sebrafisken. Vi har brukt den sekvens-baserte RiboMeth-seq metoden i studier av ribose metylering (2'-O-Me) i sebrafisk og medaka på utvalgte stadier i den embryonale utviklingen. 

Resultatene viste at de to rRNA typene i sebrafisk var forskjellige i både henhold til struktur og modifiseringsprofil. Medaka derimot uttrykker bare en type av rRNA tilsvarende den typen med størst likhet til andre kjente vertebrater. 

Vi foreslår også en ny analysestrategi for å studere RNA som guider 2'-O-Me modifikasjoner. Samlet sett fører dette studiet til spørsmålet om de to rRNA typene observert i sebrafisk bare begrenser seg til en spesifikk undergruppe av fisk, og om medaka i virkeligheten representerer et bedre modellsystem i studier av tidlig embryonal utvikling.      
​
Prøveforelesning: 10:15 - 11:05
Disputas: 12:15 - 15:00​​​